L’insediamento fortificato di Castelseprio si sviluppa all’interno di un circuito murario, originariamente scandito da torri difensive, che racchiudeva il centro abitato e i suoi principali edifici civili e religiosi. Un tratto indipendente delle mura scendeva verso Torba, dove una torre, poi integrata nel monastero, fungeva da avamposto strategico lungo il fiume Olona. Oggi, a causa della distruzione del 1287, restano visibili solo le fondamenta della maggior parte delle strutture, ad eccezione della torre di Torba.
L’accesso al Castrum avveniva attraverso un ponte che conduceva a un avancorpo semicircolare, ancora parzialmente conservato, e alla porta principale. Oltrepassato l’ingresso, si trovava il complesso religioso di San Giovanni, costituito dalla basilica, un battistero con affreschi e pavimenti in opus sectile, una cisterna monumentale e il basamento di un campanile. Costruito tra il V e il VI secolo, il complesso fu sede di una collegiata fino al 1582, per poi essere progressivamente abbandonato e demolito agli inizi dell’Ottocento. A sud della basilica si trovano i resti della chiesa di San Paolo, risalente all’XI secolo, caratterizzata da una pianta esagonale e decorazioni romaniche.
Nei pressi di San Giovanni emergono anche i resti di torri romane e di edifici abitativi, ancora utilizzati dopo il 1287, probabilmente per ospitare i canonici. Tra le costruzioni civili spicca la “casa forte”, un grande edificio che potrebbe essere stato sede del potere politico. Sebbene oggi l’area appaia poco edificata, prima della distruzione il borgo era densamente popolato, con numerosi edifici oggi quasi del tutto scomparsi.
